Lịch sử đan viện thật ra bắt nguồn từ vùng đất Eckenweiher gần thành phố Mühlacker. Vào năm 1138, cảm hóa tư tưởng cải cách của Bernhard của Clairvaux, hiệp sĩ Walter của Lomersheim đã muốn hiến tặng vùng đất Eckenweiher được thừa kế để xây dựng một đan viện dòng Xitô mà ông cũng muốn gia nhập vào đấy. Vì thế nên ông đã nhờ viện phụ Ulrich của đan viện Neuburg gửi 12 đan sĩ và một số thầy dòng đến dưới sự lãnh đạo của viện phụ Dieter. Thế nhưng do thiếu đá xây dựng và thiếu nước nên đan viện không thể xây tại đây được. Walther lại nhờ đến tổng giám mục của Speyer là Gunther của Speyer. Năm 1147 tổng giám mục đến viếng thăm Eckenweiher, cũng thuộc vào địa hạt tổng giáo phận của ông, và chuyển các đan sĩ đến Maulbronn.

Một truyền thuyết kể lại rằng trên đường đi tìm một nơi thích hợp hơn Eckenweiher để xây dựng đan viện, các đan sĩ đã cho một con la mang một túi tiền đi trước. Con la đã dừng lại tại nơi mà ngày nay có giếng nước con la để uống nước. Các đan sĩ tin rằng đây là dấu hiệu của Thiên Chúa và quyết định xây đan viện ngay tại nơi này. Ngày nay, tên thành phố Maulbronn (Maul: con la, Bronn: giếng nước) cũng như huy hiệu của thành phố (hình con la bên cạnh giếng nước) đều nhắc đến truyền thuyết này.

Trong thời gian gần 400 năm các đan sĩ dòng Xitô tại Maulbronn đã có nhiều ảnh hưởng đến xã hội thời Trung cổ, không những về mặt tôn giáo và văn hóa mà còn về mặt kinh tế và chính trị. Kế hoạch khôn khéo, siêng năng và tài năng thủ công của các đan sĩ đã giúp cho đan viện tăng trưởng nhanh chóng. Ngay trong năm 1178 ngôi nhà thờ 3 gian theo lối kiến trúc Roman cung hiến cho Đức Mẹ Maria đã được khánh thành. Kiến trúc nhà thờ đã trải qua nhiều lần xây dựng cải tạo như có thể nhìn thấy rõ tại hành lang bao bọc lấy sân trong. Sự đa dạng của phong cách Roman, Gothic với các phong cách chuyển tiếp và ngay cả cách xây dựng của các thời kỳ sau đó đều được thể hiện tại đây.

Từ năm 1156, đan viện được hưởng sự bảo hộ trực tiếp của hoàng đế. Thời kỳ thứ hai của đan viện bắt đầu trong mùa Xuân năm 1504, trong cuộc chiến tranh giành quyền thừa kế Bayern-Pfalz, khi đan viện bị Công tước Ulrich của Württemberg chiếm đoạt sau 7 ngày bao vây và từ đó thuộc về Công quốc Württemberg. Từ đấy đan viện và khoảng 60 làng dân thuộc sở hữu của đan viện đứng dưới sự bảo hộ của Công tước Ulrich.

Bại trận trong Chiến tranh Schmalkaden 1546/1547, là cuộc chiến của hoàng đế Karl IV chống lại Liên minh Schmalkaden của các lãnh chúa theo đạo Tin Lành, vị công tước đầu tiên phải trao trả đan viện lại cho dòng tu. Thế nhưng Hòa ước Ausburg năm 1555 đã cho vị công tước quyền quyết định tôn giáo của thần dân trong lãnh địa. Năm 1556 ông ra lệnh thành lập trường học trong tất cả các nam tu viện lớn thuộc Công quốc Württemberg. Trường học trong đan viện Maulbronn mà một trong số ít các trường dòng vẫn còn hoạt động cho đến ngày nay. Từ năm 1807 trường này trở thành Trường thần học Tin lành Maulbronn và Blaubeuren với ký túc xá Tin Lành và thuộc về nhà thờ Tin Lành trong Württemberg ngày nay.